In Sala Acaia, nella grande vetrina che affaccia sulla corte medievale, sono disposti oggetti di arte applicata entrati in museo o come acquisti durante la sua direzione o per legato testamentario nel 1911. Si tratta di oreficerie, bronzi, ferri, armi, armature e tessuti dal XV al XVI secolo, opere che sottolineano gli interessi collezionistici di Avondo e richiamano il carattere delle sue raccolte nel castello di Issogne in Valle d'Aosta, acquistato nel 1872, restaurato e "arredato" con mobili, suppellettili e oggetti d'uso quotidiano di area alpina, soprattutto di stile gotico. Nella stessa sala trovano spazio due importanti oggetti entrati nelle collezioni del Museo proprio grazie al legato testamentario del direttore Avondo, e normalmente non esposti. Si tratta del frammento di un dipinto di Gaudenzio Ferrari, raffigurante un Angelo, e il Cassone con stemma della famiglia Challant, proveniente dal Priorato di Sant'Orso di Aosta e transitato dal castello di Issogne.Nelle vetrine della Sala Grafica sono presentati documenti, anche di carattere personale, che fanno riferimento alla formazione, ai viaggi, alle relazioni e ai ruoli istituzionali rivestiti da Avondo, chiarendo dunque il suo elevato profilo e il prestigio che lo accompagnò anche nella sua veste di direttore.
Al piano nobile, nelle vetrine della Piccola Guardaroba e del Gabinetto Cinese, sono allestiti alcuni disegni di Avondo provenienti dalle raccolte della Galleria d'Arte Moderna e diverse tavole pubblicate nel 1905 (Cento tavole riproducenti circa 700 oggetti pubblicate per cura della Direzione del Museo), un prodotto editoriale impegnativo e lussuoso la cui realizzazione fu stabilita fin dal 1898 e affidata a Edoardo di Sambuy.